19世纪下半叶，太平天国运动席卷了整个南中国，随着最后的根据地南京的陷落，曾经轰轰烈烈的天国走向衰亡，但是一波未平一波又起，陕西等西北省份又爆发了捻军，他们与太平天国余部携起手来，继续抗击清廷。
　　
　  这是个战乱年代，在这个年代里，无产者和流氓无产者成为起义队伍中的主导力量，他们之中鱼龙混杂，有多少罪恶以起义的名义明目张胆的进行着，又有多少国家和民族的罪人以起义者的形象登上了历史舞台。
　　
　　在这个动荡时刻，西北的回民首领们认为推翻现有统治，建立伊斯兰国家的时刻到了。
　　
　　1862年5月，两个参加过云南起义的阿訇——任五和郝明堂来到了陕西华县，他们带着一腔反清反汉的热血，借着全国捻军运动的势头，组织陕西回民向清廷发动圣战，一时间，铁匠们日夜忙着打造刀枪，由于回民们没有大量的枪杆，所以他们将市场上所有的竹竿买光，以做长矛。
　　
　　此时华县已经招募了400名汉人和回民做团丁，以防太平军，但未曾料到回民的圣战来势如此之快，结果团丁中的200名回民当下响应圣战号召，杀死团练，当夜逃走。正是这个举动，使回民暴动的企图暴露了。
　　
　　回民虽然买光了市场上的竹子，可仍旧不够用，他们又想买一户人家的竹园，但是那户人家是汉人，当知道回民要造反后，他们拒绝将竹园卖给回民，回民们当然不甘心，便发生了械斗，械斗中打死两名回民，回民们闹到了官府。官府认为这两名回民心有不轨，没事你买这么多竹子干吗？是不是想哗变？所以对这两名回民的死采取不闻不问的态度，这一下可给了回民们闹事的借口，回民首领任五和郝明堂立刻宣布圣战开始！
　　
　　伊斯兰教的圣战是可怕的，大规模的报复性屠杀上演了。
　　
　　数万回民自动组成了回民军，打着反清报仇的旗号，大张旗鼓地向汉族聚居地发起了进攻，可怜大多数汉族人还根本浑然不知，就遭到了灭顶之灾。回民军袭击了汉族村庄八女井，也就是今天的大荔县八鱼，当即杀死汉人数千，血流成河。
　　
　　可此时陕西地方官员一面在抵抗着捻军和太平军的不断进攻，一面又要供给朝廷大军的给养，他们实在拿不出多余的钱粮兵马去对付回民，万般无奈之下，陕西巡抚只好派遣陕西团练大臣张芾去劝说回民，缓解压力，想尽一切办法冰释前嫌。
　　
　　张芾开始的时候进行得很顺利，他尽言回汉一家，努力安抚回民们，在他的一番劝说之下，大多数回民打消了进攻汉人的想法，但此时，突然发生了一件令所有人震惊的事情，回民首领任五和郝明堂宣布，在张芾的轿子里，发现了一张纸条，上书“秦不留回”，秦，陕西也，秦不留回，便是说陕西不留回人，那岂不是朝廷要把陕西回民杀光么？一时间回民群情激奋，场面顿时失控，张芾的努力瞬时付之东流。
　　
　　任五等人立刻拘禁了张芾，连审七日，严刑拷打，逼迫张芾承认“朝廷欲杀回民”是实，七日后将张芾斩首示众，可怜堂堂同治帝的老师，就这么窝窝囊囊糊里糊涂死在回民手中。
　　
　　后据兰州大学研究人员考证，那封“秦不留回”的纸条，极有可能是任五、郝明堂等人为了破坏谈判而故意栽赃的，借以挑起更大的回汉矛盾，以达到继续鼓动回民发动“圣战”的目的。原因是：
　　
　　其一，作为一方大员的张芾不可能用纸条传贴的方式发布命令，因为那是民间通信方式，不是官方采用的；
　　
　　其二，陕西当时没有清军的机动部队（部队打捻军去了），陕西中部仅有清军1万人左右，如何敢下杀200万回民的命令？
　　
　　其三，张芾不是清政府的钦差大臣，根本没有发布这个命令的权力。
　　
　　张芾冤死，回民的圣战正式爆发，首领任五为了表示自己“再无退路，再不回头”的决心，竟手刃了自己的家属，何其恐怖！他们号召穆斯林起来“圣战”，杀光关中的“卡菲尔”，建立一个独立的伊斯兰国家，于是回民迅速组织了30万穆斯林民兵，在关中诸地的汉族地区展开了惨绝人寰的大屠杀。我可以毫不留情的告诉大家，这次屠杀的结果一点也不亚于日本鬼子在南京制造的那场屠杀——沙苑地区“人类几灭”（据《同州府志》），临潼县竟被杀30万人有奇，大家想象一下一座县城和它的辖区被杀30万人的景象吧！
　　
　　其中有一个县城，城中的回民教师由于久和汉人相处，感情比较深厚，当他看到回民军给当地回民发的“杀汉帖”之后，大惊失色，立刻报告知县，县城大门随即紧闭，由于回民军缺乏攻城手段，久攻不破，被迫撤退，这个县才免遭涂炭。但是这个回民教师呢，不久便全家自杀了，道理很简单，以后的日子里，他的穆斯林朋友们不会放过他的，因为《布哈里圣训》写着：如果一个穆斯林改变对伊斯兰的信仰，就把他杀了；《古兰经》也写着：杀死叛教者不应受惩罚。
　　
　　在回民军的涂炭下，三原、富平、华县、兴平等地汉人均遭到严重屠杀，死亡总数约有100万余人。其余的汉人结寨自保，由于陕西回民不会攻打城寨，所以损失很大，为了建立“伊斯兰国家”，他们被迫保存力量，以中心城市为攻击重点。
　　
　　当时陕西回民军分为两条主要战线，东线上，约有穆斯林民兵10万人，重点攻击同州（大荔），主要据点为：羌白镇，王阁村，仓头镇。中线穆斯林民兵约16万，于1862年7月初攻克了六村堡，据正史载，几乎全歼陕西中部团练武装。不过据后人了解，被杀的大多是逃到这里求生的平民。
　　
　　随后，回民军挥师猛攻西安，陕西提督孔广顺等部约7000人拼死防守，回民军本来想连同城内的回民作内应，但是西安城内的阿訇是个远见卓识者，他看出了回民军的残暴，便号召城内的回民不要出城参与暴动，同时组成巡逻队，防止城内的汉人骚扰回民，就这样，西安回民始终没有参与这场“圣战”，得以保全。
　　
　　清政府未料到回民声势如此浩大，急调河南提督成明率8000人支援陕西，刚出开封即遭到当地回民骚扰，兵马前行艰难，无法援助西安，清政府见状，又急调胜保从京师出3万人增援陕西。这胜保是个满人，人送绰号“败保”，是个见仗就败的主，进潼关后屡战屡败，最后绕道进入西安。不敢出战，任由回民在城外屠杀汉人，慈禧太后一怒之下将其赐死。
　　
　　1862年10月，清政府又急调荆州将军多隆阿增援陕西。6月他攻克了仓头镇，9月进至西安，此时西安已被包围了15个月，“粮米穷蹙”。多隆阿为解西安之围，率军攻打渭城回军主力，渭城城防坚固，清军久攻不克，最后多隆阿亲自带200人夜间爬城成功，攻克渭城，穆斯林民兵战死2万多人。随后他连续收复了兴平，武功，1863年12月，多隆阿派总兵陶茂林部到达凤翔，被围困了460多天的西府大城得以解围，清兵猛攻凤翔，回汉两军死伤极其惨重，护城河“水朱如血”，凤翔城终于被破，陕西回民军被迫撤退，当时回民军算上家属，约十五万人，进入甘肃东部。甘肃张家川是“哲赫忍耶”教派的重要传播中心，回民军在张家川屠杀汉人三万余人，却没有在甘肃其它地方再兴杀戮。
　　
　　1862年9月，为了呼应陕西回民，宁夏回族同心族反叛，对宁夏汉人展开了血腥屠杀，随后联系哲赫忍耶总教主马化龙在金积堡反清。1862年11月，回民军将领穆生华率部在秦安酸茨坡击败清军，斩秦州知府托克清阿；马化龙率部于1863年4月攻克靖远，杀10万人；1863年7月，马化龙诈降清军，骗开城门克宁夏府、灵州，人口损失140万。
　　
　　这次战争带来的大屠杀使宁夏的人口损失达到了前所未有的程度，直到今天，宁夏还有一百多处当年遗留下来的废弃村庄，全是被当年的回民军屠戮一空的村子。宁夏地区清政府的官员对回民军的报复性屠杀显然没有任何思想准备，固原知府为了安抚回民，不许汉人组织团练，要求回汉双方缙绅都来官府起誓，双方当时发誓永不相杀。可十天后城内回民就起事，杀了清朝官员以外，“城内官民男妇共死者二十余万人”。1864年初，陕西回民军主力进入甘肃。“初时，甘回起事，尚爱乡土，不擅杀戮。正月初，陕回入境，杀戮极惨，焦烂隳殄……四乡堡寨攻陷无遗……回民军入城……，全城糜烂，死者不知其数。”事例太多了。如华亭县“从此丘墟”，“平安后召回遗民，仅得男妇老幼70余人”。 庆阳府三次被攻破，战后“奇禽猛兽麋集”， 左宗棠花了很大力气搜索老百姓，只在深山里找到几个人，见到官兵就到处乱跑，好不容易把他们控制住，他们都不知道现在是什么年头了，吃野果，不穿衣服，跟野人没有两样。他们以为又是来搜杀他们的穆斯林民兵。隆德、靖远两县，“陕回结土回为内应，……人民杀毙饿死十有八九，逃出者十之一二。”靖远县内“汉人死者男妇约十余万”。 总之，陇东被回民军攻陷5年，人民丧失90%以上是没有问题的，基本是汉人，当时陕西一度出现大批汉人改信基督教的情况，因为穆斯林民兵不杀基督徒，但甘肃没有这个条件，更关键的是甘肃山高沟深，人口分散，所以甘肃的屠杀要惨重的多。
　　
　　值得一提的事情是，陕西回民在陇东董志塬重整，组建十八大营民兵，17个大营的领导人都识字，后来在战争中相继投降了。只有历史学家歌颂的白彦虎，不识字，但杀人最多，所以也成为以个大营的领导人。据我统计，甘肃地区33次可考证的大屠杀中，有29次有白的参与。许多都是他的个人行为。但他也是历史学家拼命歌颂的，其实他在前期算不得高级领导人。关于穆斯林民兵的成分，从一些领导人的名字不难看出：“哈哈娃”“大瓜蛋”等（研究者问了陕西的同学，哈哈娃是坏人的意思，大瓜蛋是傻瓜的意思）。
　　
　　1864年秋，河州（临夏）回民经过1年多围攻，攻克临夏，死者50000余人。1865年河州回民攻狄道州，杀10余万人。请大家记住这支回民军后来的结局，这可以非常恰当地证明，所谓“清军报复性屠杀”这种定论式说法的荒谬性。1864年底，肃州（酒泉）回民起义，“杀剿”汉人。甘州的情况，证明这场战争是全民族性的：甘州城在起义后，再没有一个回民，所有回民男子全部突围出城。他们攻下梨园堡等地，屠杀汉人后，在高台、临泽间为汉人自发组织的武装全部杀死。
　　
　　回族和汉族由于宗教、生活习性、价值观的不同等原因，自古就有很深的积怨，再加上统治者对回民的压迫，使得回汉矛盾急剧上升，终于在清朝后期的动荡时刻全面爆发了。建国之后，我党为了促进民族团结，将此次回民叛乱定性为“反清大起义”，实际上，这是一场回民自发的、全民族性质的武装暴乱，它给汉族人的生命财产带来了无尽的损失。建国之前，民国政府称之为“同治回乱”，这还是有一定的道理的。而在西方史学家的眼里，这根本就不是什么“起义”，更不是“暴乱”，这是伊斯兰教徒对异教徒的一场战争，西方史学家称之为“东干战争”。
　　
　　从回民军所谓的“起义领袖”的做法中就可以看出回民对汉人的仇恨之深，做法之极端。请看这个事例：1864年10月，白彦虎在屠杀了合水的汉人之后，进攻陕北，打算烧毁黄帝陵。但在陕北遭到当地反清的“饥民武装”董福祥的顽强抵抗，最终溃退。1869年，白彦虎再度派人烧黄帝陵，被北路清军击退。这次事件拉近了饥民武装与清军的关系，1868年，董福祥归顺了左宗棠。黄帝乃中华民族之祖先，黄帝陵乃我华夏民族的神器所在，白彦虎身为回民军领袖，竟欲作此天人共愤之事，可见其丧心病狂，汉族人如何不恨他？还有一个事例，穆斯林民兵在各处摧毁佛教寺院，杀戮佛教徒和道教徒，并计划摧毁华山的建筑群，这样的做法无异于彻底毁掉汉族的佛道文化，转而强迫汉族人信奉伊斯兰教。
　　
　　由此，东干战争的原因可以归结为：
　　
　　1，经济压力。
　　（1）土地问题 回民军在各地夺取汉人土地，并对其进行分割耕种，由此还引发了内讧。当时陕甘的人地矛盾是极突出的。陕西关中地区“丰年恰足自给”，甘肃临夏地区“山林砍伐净尽……以栽禾谷”，等等。这些是历史学家所不一定了解。可我们生态学却有许多宝贵的资料。
　　（2）商业和手工业 回族从小经商，常不读书，经商甚为所长。汉人觉得他们无文化却占据商贸之优，甚为不平。回族经商人数多，其中不免有奸商。至今西宁人还都知道“回民的饭吃得话听不得。”
　　
　　2，宗教信仰问题。
　　回民军的旗号就是“杀光卡菲尔”。
　　
　　3，生活方式问题。
　　汉人和回民互相鄙视对方的生活方式，这点大家很容易理解
　　
　　4，伊斯兰教内部的门宦和派系问题。
　　
　　5，全国形势，这个不用多说了。
　　
　　陕甘回民起义是受了云贵影响，太平军入陕为回民起义提供了条件，多隆阿在周至战死（1864.1此后直到1867年底清军无合适统帅），1867年1月西捻军在西安附近大败清军，“捻回合势”等。
　　
　　西部的回乱已经漫布陕西、青海、甘肃、新疆等地，境外势力也开始插手，并在新疆建立了阿古柏汗国，意图分裂西北，清政府看到回乱难以控制，便派朝廷重臣左宗棠率军平叛，左宗棠挥军西进，一路大败各路回民军，十余万回民军屡战屡败，纷纷到了陌路穷途，走投无路的白彦虎投奔了新疆分裂分子阿古柏，在左宗棠大军的接连打击下，阿古柏汗国灭亡。
　　
　　河州回民领袖马占鳌于1871年初投降左宗棠，左宗棠非但没杀他，还给他封了官职，并任其保留部下武器等，马占鳌得以在河州地区割据下去，这就是后来的西北五马的由来。红军西路军就是毁于马家军阀之手。马占鳌的后代有马步青、马步芳、马鸿逵、马安国等，这股盘踞势力久居西北70多年，直到1949年我人民解放军一野进军大西北，在彭德怀的铁钳猛攻下，才土崩瓦解。